Desarrollo y validación de un panel de secuenciación masiva en paralelo para farmacogenética clínica

Luis Ramudo-Cela, Jesús María López-Martí, Daniel Colmeiro-Echeberría, David de-Uña-Iglesias, José Luis Santomé-Collazo, Lorenzo Monserrat-Iglesias

Resumen


La rápida implantación clínica de las técnicas de secuenciación masiva en  paralelo se debe a su capacidad para secuenciar un gran número de regiones  genéticas con un coste menor a las técnicas convencionales. Sin embargo, su  uso en el ámbito de la farmacogenética es, todavía, muy escaso.

Objetivo: Diseño, desarrollo, implementación y validación de un panel de  secuenciación masiva en paralelo de farmacogenética orientado a la práctica  clínica.

Método: Se desarrolló un panel de sondas de captura híbrida (SureSelect ®)  para el análisis de las regiones genéticas de interés clínico recopiladas mediante  búsqueda bibliográfica. Se empleó la plataforma de secuenciación Illumina HiSeq 1500®. Se desarrolló un algoritmo de análisis bioinformático para la anotación  de variantes puntuales, inferencia de haplotipos y determinación de variantes  estructurales en los genes de interés. Los resultados obtenidos se validaron con  materiales de referencia Coriell® de los repositorios de farmacogenética.

Resultados: El panel desarrollado permite el estudio de un total de 12.794  regiones comprendidas en 389 genes. Los resultados de validación mostraron  una sensibilidad superior al 99% para variantes puntuales e inserciones y  deleciones pequeñas. La imputación de haplotipos fue coherente con los  resultados consenso de los materiales de referencia caracterizados. Además, la  herramienta desarrollada pudo identificar correctamente diferentes tipos de  variaciones de número de copias de CYP2D6, así como una gran variedad de  alelos de HLA-B.

Conclusiones: Esta tecnología representa una alternativa adecuada para su  empleo asistencial con ventajas frente a las técnicas convencionales en su  rendimiento de producción y sus capacidades de estudio de genes complejos  (CYP2D6, HLA-B).

 


Palabras clave


Secuenciación de alto rendimiento; Farmacogenética; Medicina de precisión; Biología computacional; CYP2D6; HLA-B; Variaciones del número de copias de ADN

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Referencias


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DOI: http://dx.doi.org/10.7399%2Ffh.11353

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